De veelzijdige Joy-Con biedt verrassende nieuwe manieren om spelletjes te beleven en plezier te hebben. De twee Joy-Con kunnen volledig onafhankelijk van elkaar gebruikt worden. Als alternatief kan je ze beide via de Joy-Con houder aan elkaar koppelen tot een enkele controller. Als derde optie kunnen beide Joy-Con's worden aangesloten op de console voor gebruik in de handbediening. Degenen die met anderen willen spelen, geven gewoon een Joy-Con aan een vriend - want elke Joy-Con heeft de volledige aanvulling van knoppen en knoppen, waardoor het kan worden gebruikt als een stand-alone controller. Elke Joy-Con heeft zijn eigen accelerometer en gyrosensor, zodat alle bewegingen onafhankelijk van elkaar kunnen worden uitgevoerd met de linker en rechter Joy-Con. Bovendien zijn beide Joy-Con voorzien van geavanceerde HD-trillingen, waardoor compatibele games veel realistischere trillingen kunnen bieden dan voorheen. De neonblauwe Joy-Con (L) heeft ook een NFC-contactpunt om amiibo te gebruiken, evenals een infrarood bewegingscamera die afstand, vorm en beweging van nabijgelegen objecten kan detecteren in speciaal ontworpen spellen.