Nadat de aarde openscheurt wordt de wereld Luxendarc in de duisternis gestort. De vier elementale kristallen die licht in de wereld brengen - vuur, water, wind en aarde - worden opgeslokt door een overweldigende kracht die de balans in de natuur verstoort. Vulkanen die lang niet meer actief waren, barsten ineens uit en oceanen worden troebel en gevaarlijk.

Agnès Oblige, vestaal van het windkristal, wordt gespaard als de dienaren van haar tempel hun levens opofferen om haar te beschermen tegen de verschrikking die het windkristal belaagt. Met een kristalfee die Airy heet als gids, onderneemt Agnès een reis om de kristallen te doen ontwaken en het licht terug te laten keren naar Luxendarc.

In het midden van deze ramp wordt het dorp Norende compleet verzwolgen door de grote kloof, met Tiz Arrior als enige overlevende. Vastbesloten om zijn thuis opnieuw op te bouwen en het duistere kwaad dat naar Luxendarc is gekomen ongedaan te maken, sluit hij zich bij Agnès aan op haar missie.