Dit is het derde deel uit de Red Alert serie. Red Alert 3 zal drie facties kennen: de Sovjets, de Allies en de Empire (de Japanners). Centraal in de game staat de vraag 'wat als' en in het verhaal wordt daar flink mee gespeeld.

Alle technologieen die over de laatste zeventig jaar niet bleken te werken of te hoog waren gegrepen, zijn in Red Alert 3 wel waarheid geworden. Tijdreizen, onzichtbaar worden en teleportatie is in Red Alert 3 allemaal werkelijkheid.

In het verhaal reizen de leiders van de Sovjetunie terug in de tijd om het vervallen rijk in ere te herstellen. Dat gaat mis en er komt een breuk in de tijdlijn, waardoor er een Derde Wereldoorlog ontstaat. Hierin vechten de drie facties hun geschillen tot het bot uit en maken zij gebruik van nieuwe, maar ook een aantal bekende eenheden.