Op de overheid van het eilandje Isla Trueno is een coupe gepleegd en een militair regime zwaait nu de scepter. Het land is in de ban van een wrede oorlog wanneer jij als een van de covert commando's gestuurd wordt om de rebellen te ondersteunen.

Generaal Vasquez, de dictator van het totalitaire regime, zal aan een meeting deelnemen in een oude rafinaderij aan de kust van Isla Trueno. Agent Mike Rodriguez is bezig met een undercover missie en zal ook daar aanwezig zijn om het schot klaar te maken voor Alpha Nine, het sniper team.

Het ombrengen van generaal Vasquez zou namelijk een eind betekenen aan zijn inhumane regime. Het loopt echter anders dan gepland.